미생물공학전공의 교육목표는 바이오 공정 공학(bioprocess engineering), 바이오 의약공학(biomedicine engineering), 바이오 에너지(bio-energy), 바이오 식품(bio and fermented food), 바이오 소재 (bio materials)분야로 특화될 수 있는 21세기의 바이오 산업에 필요한, 우수한 엔지니어를 양성하는데 있다.
특히 관련 분야의 특성화를 위하여 반드시 필요한 구조적 요소인 바이오 공정 공학(bioprocess engineering) 및 이와 관련된 생물법제학 및 관리기준, 생물공학 관련공업 관리기준(manufacture practices) 분야를 특화 교육하여, 졸업 후 전문 공학인, 또는 전문 연구인력으로서 산업과 사회의 발전에 중요한 역할을 담당하는 국제적인 지도자급 인력을 양성할 수 있다. 이를 정리하면 다음과 같다.