1990
년도- 07월 27일 학교법인 건국대학교로 명칭 변경
- 08월 17일 의과대학 부속병원(충주) 개원
- 09월 15일 농림대학 광주연습림 여학생 숙소건립
- 10월 24일 어학연수원 개원
1991
년도- 03월 01일 제12대 총장 안용교 박사 취임
-
05월
15일
노천극장 건립
노천극장에서 진행된 의상학과 졸업작품 전시회(1998) - 08월 20일 공과대학 증축
1992
년도-
04월
27일
충주캠퍼스 모시래학사 여학생기숙사 준공
모시래학사 전경(1992)
1993
년도- 01월 25일 농과대학 설치 식품개발사회교육원 설치
- 02월 01일 제13대 총장 정호권 박사 취임
-
05월
01일
학교법인 현승종 제 18, 19대 이사장 취임
(1993.5.1.~1999.7.11.) - 10월 20일 충주캠퍼스 종합강의동 준공
1994
년도- 09월 01일 제14대 총장 윤형섭 박사 취임
- 10월 13일 충주캠퍼스 전자계산소 설치
1995
년도- 02월 07일 국제협력센터 신설
- 05월 15일 산업기술연구원, 생명과학연구원 설립
1996
년도- 01월 29일 신관기숙사 건립
- 02월 대학종합평가 결과 우수대학 인정
- 03월 건축대학원, 언론홍보대학원 개원, 한국문제연구원, 생명과학연구원 설립
- 05월 14일 건축대학원 건립
- 07월 11일 건국대학교 부설 사회교육원 신설(서울, 충주)
- 09월 교육개혁 평가에서 우수대학 인정(대학의 세계화·정보화부문)
1997
년도- 03월 전자계산소를 정보통신원으로 개편
- 11월 11일 액정연구센터 설립
1998
년도-
01월
05일
과학관 준공
과학관 준공식 장면(1998) - 07월 09일 충주캠퍼스 사회교육원 건립
- 09월 01일 제15대 총장 맹원재 박사 취임
1999
년도- 02월 12일 건국유업 충북 음성 신공장 준공
-
07월
12일
학교법인 이중근 제20대 이사장 취임
(1999.7.12~2001.1.25) - 07월 23일 충주캠퍼스 행정관 준공
-
08월
25일
충주캠퍼스 건국체육관 건립
충주캠퍼스 건국체육관(2000) - 10월 05일 충주캠퍼스 중앙광장 건립
- 10월 14일 수의과대학 신설, 축산·농업생명과학대학을 농축산생명과학 대학으로 통합, 생활문화대학을 디자인문화대학으로 변경
- 11월 02일 건축전문대학원 신설
